Según la Asociación de Neem, una organización internacional sin fines de lucro, la malaria afecta a cientos de millones de personas en todo el mundo y mata a más de dos millones cada año. La malaria es bastante común en India y en todo el trópico.Neem ha demostrado ser eficaz en un número de maneras en contra de esta enfermedad mortal. Tanto el agua a base de alcohol y extractos de hojas de Neem se han confirmado como eficaz. Se ha demostrado eficiente para bloquear el desarrollo de los gametos de una persona infectada. El extracto de hoja de Neem aumenta el estado de oxidación de los glóbulos rojos, lo que impide el desarrollo normal de los virus de la malaria. Irodin A, un ingrediente activo en las hojas, es tóxico para las cepas resistentes de malaria, el 100 por ciento de los gametos de la malaria están muertos dentro de setenta y dos horas con un ratio de 1 a 20000 de los ingredientes activos.
Gedunin y quercetina, compuestos que se encuentran en las hojas, también son eficaces contra la malaria. Diversos estudios muestran que el Neem extractos son eficaces incluso en contra de las cepas más virulentas del parásito de la malaria.
Algunos científicos creen que la estimulación del sistema inmunológico del Neem es un factor importante para la eficacia contra la malaria. La planta también reduce la fiebre y un aumento del apetito, que posibilitan a un organismo más fuerte para luchar contra el parásito y recuperarse más rápidamente. Aunque el Neem puede ser eficaz contra los parásitos que transmiten la malaria, no se ha demostrado para prevenir la infección de la malaria una vez que está en el cuerpo.