En la tradición de la medicina ayurvédica, el Neem es considerado un tratamiento útil para las úlceras gástricas y molestias. Compuestos en el Neem han demostrado tener efectos antiulcerativos. A lo largo de la India, las personas toman las hojas de Neem para todo tipo de problemas de estómago.Existen algunas pruebas científicas de su eficacia para estos problemas. Úlceras pépticas y úlceras duodenales son tratadas bien con extractos de hojas de Neem; nimbidin de extractos de semillas por vía oral previene lesiones duodenales y las úlceras pépticas, y proporciona una reducción significativa en la producción de ácido gástrico y la actividad de fluídos. Neem también es útil en el tratamiento de otros problemas en el estómago y los intestinos. La hierba promueve un sistema digestivo saludable mediante la protección del estómago, ayuda en la eliminación de toxinas y bacterias nocivas. Sus hojas se utilizan a menudo para tratar la acidez e indigestión. El extracto de Neem reduce la concentración de ácido clorhídrico en el estómago. Los extractos de Neem son también utilizados para tratar la gastritis. Reducen la cantidad de ácido en el estómago; es antibacteriano y sus propiedades anti-inflamatorias pueden aliviar los efectos de esta condición.
Por último, el Neem también ha demostrado ser eficaz para el tratamiento de trastornos digestivos tales como diarrea, disentería, hiperacidez y estreñimiento. Para la diarrea y la disentería es una solución para tomar una cucharada de zumo de hoja de Neem con azúcar tres veces al día. Para el estreñimiento, Neem en polvo de dos o tres gramos, con tres a cuatro pimientos negros tres veces al día es un laxante.