En la India, el Neem se utiliza también para tratar enfermedades virales como la viruela y la varicela. Muchos médicos utilizan una pasta de hojas de Neem, frotándola directamente sobre la piel infectada, para estas condiciones.Experimentos con la viruela, la varicela y la viruela de las aves han demostrado que el Neem es muy eficaz para la prevención, y curación de estas condiciones. Los extractos de Neem absorben los virus, evitando que se propague a las células no afectadas. Neem también ha demostrado ser eficaz contra virus del herpes y el ADN viral polímeros de virus de la hepatitis B.
Experimentos de laboratorio han demostrado que el Neem tiene características antibacterianas también. Además, los experimentos alemanes demostraron que un extracto de semilla de Neem con etanol es eficaz contra el virus del herpes.